Podczas kampanii w lutym 1807 roku, gdy armia francuska szła na północ za Rosjanami pokonując ich w małych bitwach i potyczkach, jej wódz cesarz Napoleon dwukrotnie 3 lutego odwiedził stolicę Warmii.
Najpierw 3 lutego, przed południem, jadąc z Pasymia (patrz: Pasym – bukiecik kwiatów i wierszyk dla cesarza), przez Tylkowo, Trękusek i Klewki, wpadł do miasta na krótko wjeżdżając od strony Dolnego Przedmieścia. Szybko wyruszył do Gutkowa, by przekonać się jak wielkie są operujące tam siły rosyjskie P
Potem wracając spod Gutkowa zatrzymał się dłużej. Wjechał do miasta mostem św. Jana Nepomucena, dalej przez ulicę Prostą stanął na rynku Starego Miasta. Tutaj przyjął defiladę wojskową i odebrał meldunki od zwiadowców. Jedynym godnym go budynkiem w zdewastowanym mieście był zamek olsztyński, na którym zjadł obiad i spędził kilka godzin. Znając jego zainteresowanie naszym wielkim astronomem można założyć, że pytał o szczegóły pobytu Kopernika w Olsztynie. Po południu wyjechał ponownie stronę Gutkowa. Noc z 3 na 4 lutego cesarz spędził już na biwaku pod Gutkowem.
W roku 2007 z inicjatywy prof. Janusza Jasińskiego z Polskiego Towarzystwa Historycznego ustawiono obelisk w kształcie kamienia upamiętniający pobyt cesarza w Olsztynie. Pomnik usytuowany jest przy ul. Grunwaldzkiej tuż przy moście św. Jana.
Oprócz cesarza w Olsztynie przebywali inni dowódcy francuscy i żołnierze. Już 1 stycznia przybył tutaj generał Gardanne. Zamieszkał na zamku, podobnie jak przybyły 19 stycznia jego dowódca, marszałek Ney. W zbiorach Muzeum Warmii i Mazur znajduje się płyta marmurowa stołu, przy którym cesarz siedział, gdy odwiedził rannych żołnierzy w bitwie pod Pruską Iławką.
W kościele św. Jakuba urządzono obóz jeniecki dla pojmanych żołnierzy carskich i pruskich po bitwie pod Pruską Iławką. Zamknięto ich tutaj kilkuset, udało się uciec grupce pod przewodem rosyjskiego majora.
Na zamku olsztyńskim urządzono lazaret, wielu chorych i rannych kurowało się w prywatnych domach. Umierali zaś w Olsztynie nie tylko żołnierze, ale i mieszkańcy. Tylko w kwietniu zmarły 104 osoby, a w całym 1807 roku – 437 (Olsztyn liczył wtedy 2 tys. mieszkańców). Przykościelny cmentarz i cmentarz miejski zostały szybko przepełnione, więc zaczęto chować zmarłych przy drodze do Dobrego Miasta (dzisiaj ulica 1 Maja), na niewielkim pagórku z trzema drewnianymi krzyżami. Miejsce to z czasem zaczęto nazywać Placem Trzech Krzyży. Nazwa została przywrócona w roku 2004 – wtedy też postawiono tutaj pamiątkowy kamień.