Jaffa to obecnie część Tel Awiwu. Malownicza starówka Jaffy (Jaffo Attica) to labirynt uliczek, zaułków, łukowych przejść. Uliczki noszą nazwy znaków zodiaku. Mazal Szor 9, to adres pod którym mieszkał Napoleon. To w Jaffie podjął jedną z okrutniejszych swych decyzji, jego wizyta zaś w szpitalu została uwieczniona na jednym ze słynniejszych obrazów epoki.
Plaża w Jaffie jest spokojna, cicha. W 1799 była miejscem kaźni jeńców z tureckiej armii. Nie wiadomo, dokładnie w którym miejscu się to stało, wiadomo jednak, że rozkaz zabicia tak wielkiej liczby jeńców był jedną z tych decyzji napoleona, którą bardzo trudno zrozumieć.
Podczas wyprawy bliskowschodniej, w roku 1799 wojska francuskie wkroczyły na tern ówczesnej Syrii będącej pod protektoratem Turcji. Po zdobyciu kilka miast podeszły pod Jaffę.
4 marca wojsko francuskie rozbiło obóz i rozpoczęło budowę umocnień i stanowisk artylerii. 6 marca wysłano oficera i trębacza jako parlamentarzystów z propozycją poddania miasta. Obu zabito a ich głowy zatknięto na piki na murach Jaffy. Rozpoczęto więc ostrzał murów miejskich, dość szybko dokonano dużego wyłomu w murze i piechota ruszyła do szturmu. Dojście do wyłomu w murze oczyścił oddział pod dowództwem szefa batalionu, Polak, Łazowskiego. Gdy Napoleon przyglądał się pracom w towarzystwie pułkownika Lejeune, kura karabinowa zerwał ma kapelusz z głowy, zabijając oficera wyższego od niego o ponad dwadzieścia centymetrów.
Szturm poprowadził generał Lannes, Francuzi szybko zajęli mury i wieże, cytadelę. Jeszcze przed północą miasto zostało zdobyte.
Wśród 2500 jeńców było ok 900 z załogi El-Arisz, którą zdobyto wcześniej. Po poprzedniej bitwie przysięgli, że pomaszerują do Sirri i nie wrócą walczyć przed upływem roku. Za złamanie przysięg (ale i dlatego, że nie miał co z nimi zrobić, musiałbym ich przetransportować na statkach do Egiptu) Napoleon kazał ich wszystkich rozstrzelać. Różne źródła podają różne liczby, ale na plażach Jaffy zabito 1 500 – 2 500 jeńców.
Zrobiono to na plaży poza miastem.
Drugi czyn Napoleona w Jaffie został uwieczniony na jednym z lepszym obrazów malarza Grosa. To wizyta Bonapartego u chorych na dżumę. Wyczerpanie żołnierzy wielodniowym marszem przez pustynię i zmiana klimatu z suchego w mokry spowodowało wzrost liczby chorych żołnierzy, wkrótce wynosiła aż 700.
W urządzonym w klasztorze szpitalu zaczęło brakować miejsc. Wielu żołnierzy zachorowało na dżumę. Pojawiły się oznaki paniki. Żeby ją zdusić w zarodku, Bonaparte odwiedził szpital i chorych żołnierzy. Po pewnym czasie epidemia została opanowana.
Antoine-Jean Gros namalował kilka lat po ekspedycji egipskiej obraz, który wystawiony został po raz pierwszy 18 września 1804 roku w salonie paryskim na wystawie Króleskiej Akademii Malarstwa i Rzeźby. Obecnie wisi w Luwrze.
Obraz te w oryginale nosi tytuł Bonaparte visitant les pestiférés de Jaffa – Napoleon odwiedza zadżumionych w Jaffie. Czasami nazywany jest też (Zadżumieni w Jaffie lub Napoleon w Jaffie dotkniętej plagą.
W dzisiejszej Jaffie dwa miejsca związane z pobytem napoleona i jego wojska są upamiętnione tablicami. Pierwsze to tablica na murze, przez który wtargnęli do miasta żołnierze szturmujący Jaffę. Druga wisi na domu, w którym mieszkał Bonaparte.