Willa zbudowana dla hrabiego di Belgiojoso praktycznie tuż po ukończeniu wpadła w ręce Francuzów i to od razu w ręce rozległej rodziny Bonaparte.
Willa nosząca pierwotnie (i obecnie) nazwę Willa Belgiojoso (Via Palestro 16) została zbudowana według projektu Leopolda Pollacka w latach 1790-1796. Miał być prywatną rezydencją hrabiego Lodovico Barbiano di Belgiojoso. Jednak już w 1796 roku została kwaterą gubernatora Mediolanu, późniejszego marszałka i króla Neapolu, Joachima Murata i jego żony, Karoliny Bonaparte Za jego czasów willa była miejscem wielu przyjęć i balów.
W 1804 roku wiceprezydent Republiki Włoskiej Melzi d’Eril kupił willę od spadkobierców Belgiojoso jako prezent dla Napoleona. I wtedy to właśnie nadano jej nazwę „Villa Bonaparte”. Napoleon był tutaj kilka razy wraz z Józefiną.
W 1806 roku willa stała się prywatną rezydencją wicekróla Eugeniusza de Beauharnais i jego żony, księżniczki Amalii Bawarskiej. To ona zleciła wykonanie bogatego zdobnictwa na I piętrze.
Obecnie w willi znajduje się galeria sztuki nowoczesnej – Milan Modern Art Gallery (GAM).